構造式をクリックで一覧を表示します。
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| Rhodamine/Fluorescein | Cyanine | Bodipy |
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| Dansyl | Pyranine | Coumarine |
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| Acridine/Carbopyronin | Oxazine/Thioxazine | Phycocianine |
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| その他蛍光物質 | ||
特徴的な励起波長や蛍光波長（ストークスシフト）、pH依存性が低い、蛍光強度が高い、光安定性が高い、溶解性（水溶性）などが性能指標のようです。
1波長で複数の蛍光波長の色素を励起できる性質があると特殊な使い方が出来るようです。
決まった構造の合成については弊社は専門家を自負していますが、蛍光色素の性能と構造の関連については十分理解できているとは言えません。鋭意勉強中です。
Rhodamine系はFluoresceinとOをNに置換したRhodamineに分かれますが、後者の方がPH依存性が低く、光安定性が高いそうです。この改良版のAlexa、HiLyte Fluorなどが近年、良く用いられているようです。
Cyanine系：スルホン酸を有することで高水溶性、蛍光減退の抑制効果があるのが特徴です。
BODIPY系：pH、溶媒の種類を問わず吸収波長、発光波長が共に安定していることが特徴です。またストークスシフトが他と比べて大きく、鋭いスペクトルが有意性となっています。
タンパク、抗体などの可視化の有効な手段として色素標識、蛍光標識が頻繁に用いられています。
大抵は色素化合物のNHS活性化体とアミノ基を反応させるだけという簡単な操作で実現できますが、専用設備と技術を要するため合成や精製が難しいということで弊社へのご依頼件数が増加傾向にあります。
弊社ではここ数年蛍光標識のご依頼が急増しており、様々なご要望のお応えするべく新しい構造の蛍光色素化合物の開発に力を入れています。
弊社で合成実績があっても秘密保持契約のために公開できない化合物も多数あります。
新成化学では親水性リンカーとして有用性の高いポリエチレングリコール誘導体の開発に15年以上取り組んでいます。色素標識体にアミノ基、カルボキシル基などの官能基を付与するだけでなく両親媒性のスペーサーの役割としてポリエチレングリコールを挿入した構造の合成技術があります。
タンパクなどの標識化合物に直接アミド結合（A）が最も簡単ですが、色素化合物との距離が近すぎて活性に影響を及ぼすことがあり（B）のようにアルキルのスペーサー、リンカーを挿入させる方法が一般的です。
しかし疎水性のリンカーでは生体内でアグリゲーションを起こしてしまいスペーサーの役割を果たさないだけでなく、非特異的吸着の原因となります。
そこで（C）に示すような親水性のPEGを末端に付与したり、
アルキルスペーサーを省略して直接PEGを挿入する方法（D)を弊社ではご提案可能です。PEGリンカーの長さは目的に応じ繰り返し単位3程度から30以上の非常に長い構造まで対応可能です。末端の結合方式もアミド結合だけでなく
マレイミド、クリック、エステル、エーテル結合等、種々に対応可能です。
蛍光物質にPEGを挿入または結合することにより親水性が大きく改善されます。
